第一章 异教徒 光环爆炸之后，星盟的首领们在光环附近的“博爱之城”召开了紧急会议。议会祭祀们一致认为，为了评定民心，必须对星盟舰长进行惩罚。他们警告道：“朝圣之旅即将到来，你所犯下的罪过将拖累你，无法与我们同行。”最终，星盟舰长被判处电刑。
第二章 军械库 【任务】：1.听从指挥官的命令；2.进入“能量护盾测试站”；3.启动“能量护盾测试站”。 在宇宙的另一端，从光环爆炸中逃脱出来的士官长被地球“开罗”空间站回收。他的装甲需要进行整体调整。在任务中士官长需首先听从命令进行准星调试，然后补充身上的装甲。
【任务】：跟随电梯内的约翰逊上士 装甲补充结束后，士官长跟随约翰逊上士进入升降梯。走出升降梯后，玩家需进入拦车，沿途可观察到空间站的大致结构。约翰逊上士向士官长介绍了“开罗”空间站的近况。缆车停稳后士兵们在门外欢迎士官长的归来。胡德统帅特别向士官长、约翰逊上士以及雅各布·凯思舰长的女儿米兰达·凯思作出表彰。这时星盟舰对通过异次元通道抵达地球并发起了进攻……
第三章 开罗航战 【任务】：击退入侵的星盟敌人 激烈的枪声从娱乐室传来，士官长在投入战斗前，有手枪、轻机枪和攻击步枪三种武器可供使用。（注意！轻机枪和手枪可双手使用。）装备完毕后，士官长来到娱乐室。星盟战士破门而入，在此处用强大的火力将其击溃。随后通过楼梯来到中庭，消灭部分敌人后，从庭院左边的梯子来到战机停机坪。在这里星盟战士不断涌入。士官长目睹一个空间站被毁，消灭完这里的敌人后，来到下层的停机坪，又一个空间站被毁。
【任务】：寻找星盟的炸弹 爆炸均为星盟埋放的炸弹引发。“科塔娜”汇报称，“开罗”空间站也被放置了炸弹。为了保护空间站，士官长必须找到并排除这颗炸弹。沿着停机坪的地下通道走，玩家会遇到几个隐身的星盟精英战士。之后来到一个庭院，消灭敌人后从庭院左边的楼梯来到庭院的另一边。从这里士官长可以来到空间站的外部。由于外太空没有空气，所有消灭敌人的任务就落到了士官长一个人身上。继续扫清敌人，在消灭了3个飞行的星盟精英战士后，从右侧来到减压室。在这里士官长会遇到星盟的另一种飞行战士——甲壳虫。他们的防御力很低，进攻效果差得惊人，所以比较容易对付。之后来到升降机上。在这里也有一些飞行的精英战士和其他杂兵。乘坐升降机士官长再次来到空间站外部。在这里扫清敌人后，玩家再次经过减压室来到一个大厅。这里就放着星盟的“炸弹”。在停止炸弹的倒计时装置后，士官长突发奇想把这颗炸弹放到星盟的巨型战舰上。他打开空间站的舱门，巨大的吸力把炸弹吸出空间站。在炸弹被吸离空间站的一瞬间，士官长抓住了炸弹一同飞向了正在靠近地球的星盟战舰。眩目的爆炸充斥了整个宇宙，士官长在爆炸的冲击波推动下落在了米兰达·凯思驾驶的“鹌鹑”号战舰上。这艘巨大的战舰返航地球，但战斗才刚刚开始……
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