在《大航海时代4》及加强版中，航海士是游戏的重要组成部分。首先玩家需要选择一位主角开始冒险。本作共有四位主角可供选择，分别是葡萄牙航海家拉斐尔、瑞典私掠舰队提督赫德拉姆，以及荷兰商人莉露。通关后将解锁一位隐藏角色——我国抗倭女英雄玛利亚画眉李。每位主角的出海目的不同，但通关的共同目标是获得全世界的七张霸者之证。
在加强版中除了原有的四位主角外，还新增了佐伯.杏太郎、亚伯拉罕.易文.伍丁和蒂雅.瓦曼.恰斯卡三位新人物。对于新手玩家，建议选择北海的赫德拉姆作为起点。选择他不仅能在游戏中获得相关航海教程，而且其发展环境在七位角色中最为宽松，非常适合新手入门。
进入游戏后每位主角都会拥有3至5名固定伙伴，但仅凭这些伙伴难以完成冒险。所以玩家需要在游戏中不断发现新的伙伴。
接下来简单介绍游戏中将在不同地区招收到的其他伙伴。与前几代作品不同，航海士在《大航海时代4》中拥有各自的性格和背景，出于不同的目的加入队伍。他们通常出现在航海图上的大港口，玩家只需抵达即可触发剧情，伙伴便会加入。
航海士各有各的特长，如剑术高超、擅长木工、医术精湛或洞察力敏锐。根据他们的特长，分配到相应的舱位，可以使游戏过程事半功倍。
总之不同的航海士拥有不同的技能，合理分配舱位，能让玩家在冒险中无往不利。
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