在《合金装备4》的剧情中，玩家将跟随Snake逃离基地的紧张情节。以下是剧情的详细翻译：
当Vamp倒在地上，后方突然出现数台Metal Gear Gekko时，Otacon紧急对Snake喊道：“快离开那里，Snake！”随后，Otacon操控Metal Gear Rex发射导弹，将敌人击毁。Snake看着Rex，不禁感叹：“Rex！”
Otacon回应道：“这东西终究是会派上用场的。”这时，Naomi和Raiden走了出来。Naomi告诉Snake：“他从来就不是不死之身。他的自我再生能力是借助体内纳米机器而强化。但在经过无数次战斗后，他终于到达了极限。”
Vamp痛苦地挣扎着，哀求道：“医生……减轻我的痛苦吧。”Raiden转告Naomi：“Sunny让我告诉你一些事。”Naomi询问：“是什么？”Raiden回答：“她把蛋煮得很好。”Naomi微笑道：“我知道了。真好Sunny。你终于做到了。”
但是Vamp的痛苦并未减轻。Naomi犹豫地看向Raiden和Vamp，然后转向MKIII：“你得相信我，Emmerich博士。把这个给他。不是为了复仇，而是为了结束他的痛苦。”Vamp抢过Naomi交给他手中的注射器，自己注射。Naomi安慰道：“现在你能回归到你真实自我了。你会回归平静。”
Vamp问：“我能……死去了吗？”Naomi回答：“是的。”Vamp挣扎了一会，最终不再动弹。Naomi悲痛地说：“对不起……”
Otacon感叹：“这什么也改变不了。为什么？”Naomi回答：“我们无法抹去过去，也无法宽恕它。我们能做的只有结束它。”（Naomi放开Vamp，站起身）
Naomi告诉Snake：“Liquid就在我们下方，他偷走了爱国者的系统，摆脱了它们的视线，并夺走了它们的方舟。”
Snake惊讶地问：“方舟？”
Naomi解释：“一艘战舰……它从领土、法律、国家和网络中获得了释放。唯一他们能真正从爱国者的枷锁中解放之处，他们能获得自由之处。Out Haven。”
Snake问：“Out Haven？”
Naomi回答：“Liquid计划从那艘船上发射核弹。你被赋予生命来实现你的用途，Snake。当这一切结束时，你除了接受死亡之外将别无选择。我们被赋予生命只是因为如此我们才能为背负的罪孽赎罪。你的生命正是为那目的而被创造。我们都必须弥补自己的罪恶。我们不能将它传承到下一代。我们不能将它留到未来。那就是你真正的……一个你根本无法对抗的命运。”
就在这时地面突然剧烈晃动，Naomi趁众人环顾四周时，对自己注射。Otacon惊呼：“Naomi！”
Snake问：“你做了什么？”
Naomi回答：“我和Vamp……我们都是一样的。我们都是行尸走肉……我们的身体借助纳米机器勉强维持运作。”
Snake问：“那你……”
Naomi说：“癌症。我现在甚至不应当还活在世上。纳米机器抑制了癌症的扩散……但除此之外，它们什么也做不了。当没有纳米机器时，时间将会解冻，并且再度开始流动。”
Otacon问：“你在说什么？”
Naomi说：“再见……Hal。”
（Naomi用注射器猛插自己，然后痛苦地跪了下来，对着MKIII说话）
Naomi说：“把我最好的一面留给我最好的朋友。”
Otacon惊呼：“不要啊，Naomi！”
Naomi问：“你在哭吗？……为了我？”
Otacon问：“为什么……Naomi？”
（Naomi抓住MKIII）
Naomi说：“你有着如此漂亮的眼睛。我为我所做的一切感到很抱歉。”
Otacon悲痛地呼唤：“Naomi……Naomi……Naomi……”
（Naomi倒在地上，而屏幕中的Otacon已经泣不成声了。此时周围一阵骚动，似乎是其他Metal Gear Gekko追了上来）
Naomi说：“现在快走！”
Snake喊道：“Otacon！我们走吧！”
Otacon问：“为什么事情总是以这种方式结束？就在我以为我已经准备好恋爱的时候。”
（Naomi倒下）
（在看到Metal Gear Rex一路冲出仓库后，Naomi倒下了）
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