《帝国时代2》中的海军单位主要有战舰、火船、炮舰和运输船，每种单位对应不同的战术用途。战舰适用于远距离打击，火船擅长近战和清除敌方战舰，炮舰能对岸边建筑造成严重破坏，而运输船用于运送陆地部队跨越水域。
在分析海军强度时，以下几个方面至关重要：单位的升级，民族特性，团队加成以及在特定的游戏阶段表现。
拜占庭被广泛认为是最强的海军文明之一。其海军单位成本便宜（便宜20%），这让拜占庭在中古末期丝毫不逊色于任何对手。它们的火船和炮舰移动速度提高，加上文明特有的“希腊火”科技，使得其火船攻击范围有所增加。这些因素结合起来，赋予了拜占庭海军超凡的战场持久力和灵活性。
作为一支海洋文明，葡萄牙拥有多方面的海军优势。其战舰便宜15%，且升级时有减免，炮舰有额外的射程和精准度，同时拥有“卡拉维尔战船”这一特殊单位，该单位能够在不受到击退的情况下，向数个单位同时开火。这些优势使它们在海军战斗中表现出极强的投资回报率和多线作战能力。
维京在水图上是一支恐怖的力量。它们的长船是游戏中唯一的特殊战舰单位，具有极快的速度和高效的攻击力。维京还能够快速升级至战列舰并以更低的成本建造它们，这给予了它们在中世纪到帝王时代快速扩张和掌控水域的能力。
意大利是标准的海洋文明，它们拥有名为“威尼斯人贸易舰”的特殊单位，能帮助它们在经济上领先。意大利的战舰成本下降15%，并且其文化传统可以更便宜地升级海军单位。这使得意大利文明可以在早中期便组建一支强大的海军。意大利的“凿船孔”科技显著提高了其火船的攻击击速和速度。
马来文明凭借其区别于他人的海军特性而闻名。它们的独特科技“硫磺之火”为火船赋予了额外的攻击力，而“迦巴卡”战船也以其高效的成本效益比而著称。马来的海军单位在帝王时代可以无需食物仅用木材建造，这样的经济优势在极端竞争的局势中常常是致胜的关键。
尽管如此，海军战斗不仅取决于文明本身，同样需要玩家深刻理解各种战术和战舰对抗关系，以及经济的有效管理。在游戏实际操作中，地图的特殊情况、敌对玩家的文明与策略，都会对海军的构建与运用产生重要影响。
在开阔的水域，拥有速度优势的文明如维京和意大利会更受欢迎，因为他们能快速达到决定性的地点发动进攻或是提供支援。而在狭窄水道和岛屿密集的地图上，火船的重要性提升，拜占庭和马来的火船技术优势可能会更为凸显。
《帝国时代2》有许多文明都拥有强大的海军建设能力，但数据和特性上带来的优势还需与玩家的实战技巧相结合。拜占庭、葡萄牙、维京、意大利和马来都是公认的海军强文明，但选用哪个文明以及如何运用它们，完全取决于玩家自己的喜好、对战策略和实战经验。
