在少年三国志中有四个阵营，分别是魏、蜀、吴和群雄。魏阵营是以司马懿为核心，以其独特的群体输出和控制技能尤为出色。司马懿的大招"连环计"能使对手无法行动，让对手陷入短暂的束缚，同时配合其他魏国英雄，如曹操、典韦等高输出角色，可以快速击杀敌方核心。魏国的缺点也很明显，那就是阵容稳定性欠佳，若主力英雄被击杀，整个阵营的战斗力将会大幅下降。
蜀阵营的核心自然是赵云、张飞和诸葛亮三位英雄。他们的能力在三国都是出类拔萃的。赵云的技能"龙胆"能一次打击多个敌人，张飞的技能"嫂嫂别过来"可以大幅降低敌方的攻击力，诸葛亮的羽扇则能为全队提供攻击加成。这个阵营的优点是，良好的控制能力和部分英雄良好的恢复技能，使得其在阵容方面更加稳定，有一定的修复能力，但是，蜀阵营的英雄对于资源的依赖较高，如果被对方突袭，可能会出现资源不足的情况。
吴阵营的核心英雄是孙策、周瑜和太史慈，他们分别具有良好的前排坦克能力，高伤害输出和群体控制技能。吴阵营的特点是其上半场的输出与控制能力极强，能在一定程度上压制对手英雄的技能发动，同时吴阵营有强大的能力维持战斗的持久度。然而同样的问题也会出现在吴阵营，那就是吴阵营的资源消耗大，需要适当的资源控制能力。
最后来看群雄阵营，群雄阵营是"混沌阵营"，由各个在三国历史中出场的小国家的英雄组成。其特点是全面，可以有多种的组合方法，而且在一定程度上也能克制其他的阵营。
四个阵营各有优缺点，没有绝对的强弱之分。如果把四个阵营放在各种条件都相等的环境中进行比拼，相比于吴、群雄阵营，魏、蜀更具有优势。理由在于魏阵营拥有强大的群体输出和控制技能，以及必杀英雄，蜀阵营则拥有极强的稳定性和修复能力。而在实际的游戏中，玩家需要结合自己的玩法以及手中的英雄来选择最合适自己的阵营。
《少年三国志》的阵营选择是根据自身游戏素质和英雄来定的。阵营无优劣，选择最适合自己的才是最强的。不断提升自己的实力，用心体验游戏，一切才刚刚开始。才是《少年三国志》真正的魅力之处。
