副本是放开那三国3里获取大量资源的主要方式，副本分为不同难度，难度越高的副本通关之后，获得的奖励也就更加丰厚。玩家在前期阶段，武将的战力并不高，只能挑战副本中的普通难度。随着游戏的发展，玩家拥有了更多的角色，战力也有了很大的提升，这个时候就可以挑战一些精英和困难这两种难度。不同英雄挑战副本的时间也是不一样的，只有合理的搭配才可以提高完成副本的效率。
在游戏初期，由于资源有限，玩家可以将所有资源优先培养几位性价比高的武将，这样可以提高通关副本的速度。限先是刘备，它拥有出色的生存能力和辅助技能，可以为全队恢复血量，是新手期不可多得的治疗手。然后是关羽，他是队伍中饭高爆发的输出角色，无论是单体还是群攻都有不俗的表现，能够迅速清理敌方单位。
而张飞在队伍中主要可以用来保护后排输出，具备强大的控制能力和耐久度，能有效保护队伍的后排。而赵云拥有高灵活性和突进能力，适合快速切入敌阵斩杀关键目标。最后是诸葛亮，它作为策略型角色，拥有强大的群体控制技能，可以有效牵制敌人，为队伍创造优势。这套阵容以五虎将为基础，辅以诸葛亮的控制，无论是物理输出还是生存能力都相对比较均衡，适合新手玩家快速通过副本。
随着游戏的深入，玩家将解锁更多角色，这时可以根据副本特性调整更为专业的阵容，以适应不同的挑战。首先是典韦，它有着稳定的群体输出和较高的生存能力，是物理输出型阵容的核心之一。而周瑜作为队伍中的法师，但其群体伤害及控制能力对物理队伍也有很好的补充。
对于一些特殊需求的副本，比如需要快速击杀BOSS或者超强的生存能力，玩家可以更具副本中敌人的类型进行合理的调整。如果是对付高防御敌人，推荐使用吕布、赵云等高单体伤害角色，迅速突破敌方防线。如果敌人的伤害非常高，可以使用张飞和刘备来提高对物业生存能力，确保团队的持久战斗力。
面对不同类型的副本，队伍中角色也要做出相对的改变。在游戏的前期阶段，玩家主要可以使用五虎上将和诸葛亮来提升通关副本的速度，由于前期副本的难度并不高，这套阵容各方面都较为均衡，所以可以快速完成副本。到达游戏的中后期，副本中敌人的类型会发生很大变化，玩家需要根据副本中的敌人，合理搭配队伍中的角色，这样才可以做到快速通关。
