天空之柱是一个具有多层挑战的高难度区域，玩家除了要和实力超群的火箭队进行对抗，将其一一打败，还要注意道路的走位，如果一步走错则是会直接掉落下去重新再来。掌握正确的行进路线并战胜火箭队，才能够继续向上攀爬。第二层作为初阶的关卡，虽然敌人的实力没有那么强，但需要玩家注意的地方也是很多的。
天空之柱第二层的战斗准备最好让携带精灵有着多种属性，在战斗前观察火箭队精灵的属性和技能，第二层敌人的精灵都是属于策略型过关，想单靠属性压制是比较困难的。解答谜题可能需要多次尝试，与其他玩家在论坛交流，可以帮助你更快地找到解决问题的方法。
第二层火箭队出场的是一只拥有高速度飞行系口袋妖怪，面对这样的对手，最有效的方法是使用电系或岩系的精灵进行属性克制。考虑到对手会使用加速等提升自己速度的技能，拥有减速对手或直接设置障碍的口袋妖怪也是非常有用的。
对手第二个宝可梦是岩系的穿甲王，等级为四十级，如果我们出场的是雷属性的宠物，雷电伤害一般是对其无效的。穿甲王还会使用挖地的技能，会在数回合直接躲避我们的攻击，还能在地底发起攻击造成不小的输出。这时可以切换为水系的精灵，通过属性克制的方法能规避对手的输出，而水属性又能很好的打出克制效果。在战斗中火箭队的精灵等级出场也是会越来越高的，最高能到达五十五级，所以在挑战天空之柱的时候，确保我方精灵等级足够高也是突破的关键。
在即将前往天空之柱第二层之前，必要的准备工作也是需要玩家了解的。在宝可梦的搭配上需要确保包含多个不同属性的口袋妖怪，以便更好的克制敌人出场的宝可梦。恢复药品也是击败火箭队的关键因素，对手的精灵虽然等级看起来不高，但命中的技能基本两个就能带走我方宠物。还能带上一些能够增加宝可梦速度与攻击的辅助道具，也能在属性略低于对手时打出更好的表现。
除了战斗之外，第二层还有一些需要解密的玩法。这一层主题谜题是天空的镜像，通过调整场景中的多面镜子，将一道光线引导至中央的接收器上才能解开，挑战最终的守护者。除此之外玩家的行走路径需要按照直走绕路，在快到中间时在径直左转，尽量不要踩到其他的地方，以免在前往下一个入口时失败。
